องค์กรของรัฐจัดตั้งขึ้นตาม พ.ร.บ. หลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๕ มีภารกิจหลัก ในการบริหารจัดการเงินกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติให้เกิดประสิทธิภาพ สูงสุด รวมทั้งพัฒนาระบบบริการสาธารณสุขเพื่อให้ประชาชนเข้าถึงบริการที่มีคุณภาพ ได้มาตรฐาน กระบวนการรับเรื่องร้องเรียนเพื่อการเข้าถึงสิทธิสุขภาพของประชาชนของ สปสช. เป็นที่ยอมรับและได้รับการชื่นชมว่ามีประสิทธิภาพเมื่อเปรียบเทียบกับประเทศอื่น ๆ ในภูมิภาคอาเซียน