ตามที่มีผู้ร้องเรียนต่อคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ คัดค้านนโยบายยุบ ควบรวม โรงเรียนขนาดเล็กของกระทรวงศึกษาธิการ โดยเห็นว่าเป็นการละเมิดสิทธิและเสรีภาพในการศึกษาของเด็กนักเรียน ตามคำร้องที่ ๒๗๐/๒๕๕๔ และคำร้องที่ ๕๙/๒๕๕๖ นั้น
คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ได้ดำเนินการตรวจสอบโดยรับฟังคำชี้แจงจากหน่วยงาน นักวิชาการ ผู้ทรงคุณวุฒิ การลงพื้นที่ และจัดเสวนาเพื่อรับฟังความคิดเห็นแล้ว มีความเห็นและมติในการประชุมคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ (ด้านการคุ้มครองและมาตรฐานการคุ้มครองสิทธิมนุษยชน) ครั้งที่ ๑/๒๕๕๗ เมื่อวันที่ ๑๙ พฤศจิกายน ๒๕๕๗ ว่านโยบายยุบ ควบรวมโรงเรียนขนาดเล็กของกระทรวงศึกษาธิการเป็นนโยบายที่ละเมิดสิทธิและเสรีภาพในการศึกษาของเด็กนักเรียน เนื่องจากตามอนุสัญญาว่าด้วยสิทธิเด็ก ข้อ ๓ และข้อ ๒๘ และหลักการตามรัฐธรรมนูญ ให้คำนึงถึงประโยชน์สูงสุดของเด็กเป็นอันดับแรก เด็กต้องได้รับการศึกษาขั้นพื้นฐานโดยไม่เสียค่าใช้จ่ายเพื่อการพัฒนาทั้งด้านร่างกาย สมอง จิตใจ ศีลธรรม และจะต้องจัดให้อย่างทั่วถึงและมีคุณภาพ ซึ่งการจัดการศึกษาเพื่อให้เด็กได้พัฒนาในมิติที่รอบด้านดังกล่าว เป็นเรื่องของรัฐที่จะต้องดำเนินการและลงทุน
คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ จึงได้กำหนดมาตรการการแก้ไขปัญหาต่อกระทรวงศึกษาธิการ ให้ปรับลดงบประมาณรายจ่ายประจำปีที่ไม่จำเป็น และไม่คุ้มค่ากับการลงทุน กระจายอำนาจการจัดการศึกษาไปสู่เขตพื้นที่การศึกษา สถานศึกษา และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น โดยกระทรวงศึกษาธิการและกระทรวงมหาดไทยต้องจัดงบประมาณเพื่อให้องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นมีอำนาจหน้าที่จัดการศึกษาร่วมกับชุมชน กระทรวงศึกษาธิการควรปรับยุทธศาสตร์การบริหารจัดการการศึกษาโดยเน้นเป้าหมายในการพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษา หลักสูตร วิธีการสอน รวมทั้งระดมบุคลากรที่มีศักยภาพ เช่น ปราชญ์ชาวบ้าน เพื่อให้เข้ามาสนับสนุนการเรียนการสอนในโรงเรียนขนาดเล็กให้มีคุณภาพและสอดคล้องกับวิถีชุมชนในแต่ละพื้นที่
การจัดการศึกษาต้องตระหนักถึงการมีส่วนร่วมของบิดามารดา ผู้ปกครอง ชุมชนและภาคประชาสังคม ภายใต้แนวคิดรูปแบบและกระบวนการเรียนรู้ที่หลากหลายผ่านความสัมพันธ์กับครอบครัว ชุมชน สังคม วัฒนธรรมในท้องถิ่นและสิ่งแวดล้อม เพื่อให้เด็กได้รับการพัฒนาในมิติที่รอบด้านและนำไปสู่ความเป็นมนุษย์ที่สมบูรณ์ และนอกจากนี้กระทรวงศึกษาธิการควรพิจารณายกเลิกหรือปรับปรุงระเบียบกระทรวงศึกษาธิการว่าด้วย การจัดตั้ง รวม หรือเลิกสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ. ๒๕๕๐ ในส่วนที่เกี่ยวกับการรวม หรือเลิกสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และพิจารณาทบทวนแก้ไขมาตรา ๓๘ แห่งพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๒ และที่แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๔๕ และแก้ไขเพิ่มเติม
(ฉบับที่ ๓) พ.ศ. ๒๕๕๓ เพื่อให้สอดคล้องกับสิทธิในการได้รับการศึกษาของเด็ก ตามอนุสัญญาว่าด้วยสิทธิเด็ก และรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว) พุทธศักราช ๒๕๕๗
ทั้งนี้ คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติหวังเป็นอย่างยิ่งว่า กระทรวงศึกษาธิการและกระทรวงมหาดไทยจะดำเนินการตามข้อเสนอและมาตรการดังกล่าว